雲海に浮島が点在する、空の世界クラウディア。

カイゼルシュルト帝国の騎艇小隊長レイナスは、国王の命を受け、 盟友ロナードとともにバーデルゼン島制圧に向かう。

島の要となる司令塔へ奇襲攻撃をかけるレイナスとロナード。 首尾よく司令塔を制圧したレイナスだったが、市民を虐殺する軍のやり方に納得がいかず、 ロナードと対立する。 反逆の罪をきせられたレイナスはカイゼルシュルト軍から追われる身となる。

偶然居合わせたベルンハイムとニアに助け出されたレイナスは、 エアシップで魔法王国セントミラへ向かい、ハントとヴァイスに出会う。

カイゼルシュルト軍のセントミラ侵攻を防いだレイナスたちはセントミラ王と謁見し、 カイゼルシュルト王の不審な噂とエアゲートの存在を聞かされる。

エアゲートを封印しているプテリュクスの神の塔へ調査に向かうレイナス達だったが…。