大空に浮島が点在する空の世界「クラウディア」。アルネウスの光によって、空は再び切り裂かれてしまう。

アウルの死によって魔獣化が解けた後、レイナスらとともに「クラウディア」に残る決意を固めたニアだったが・・・。

エルディア軍の攻撃により崩壊したカイゼルシュルトの街。兵士たちは戸惑いながらも誇りは失っていない。

赤く変色した雲は、いたるところに穴が開き、雲穴からはテーゼ委員会とエルディア政府軍が率いる魔獣の激しい攻撃が・・・！

クラウディアを守るため、空の勇士たちは、再び戦いへと旅立つのだった。

一方、消えかけた雲穴を抜け、エルディアに戻ったザードたちはファルバナに向かっていたが・・・。

魔獣が飛び交う地の世界「エルディア」では、大地は魔殖ウィルスによる汚染のため赤紫に変色している。

エルディアの地上に、クラウディアからの落下物らしきものが散乱している。これは一体・・・！？