合成魔獣フューゼ討伐から数か月後━━

カイゼルシュルトの将校ロナードは雲の下の世界【エルディア】を彷徨っていた。 謎の少女ニアの正体を追うロナードは、一人の少年と出会うが…。

前作『フライハイトクラウディア』のその後を描く、待望のシリーズ第二弾！
【エルディア】と【クラウディア】二つの世界を結ぶ、様々な想い……

無事帰還したはずのロナードに、何が起こったのか？

そして…ニアと少年の運命は？

希望の光は、大空の彼方に━━

『Ⅰ』の舞台となったクラウディアは、雲海の上に浮島が点在する空の世界だった。

対して、『Ⅱ』のスタート地点でもあるエルディアは、赤い雲が上空を覆う地の世界……。

大地は魔植ウィルスに汚染され歩くこともままならず、 人々は汚染の進んでいないわずかな地域に街や集落を築いて生き延びている。 首都ティエントなどの大規模な街は、地下シェルターのような形で築かれ外敵を防いでいる。 技術や資材のない小中規模の街や集落は、地上に小屋などを建て、 厚く高い壁などで周囲をかこみ外敵を防いでいる。 どの街も比較的汚染の進んでいない地域に作られているため、 街周辺のフィールドは多少歩くこともできる。

街と街の間の大地は移動できないため、 地下水路を利用したホバークラフトのような交通網『トーポ』によって街どうしがつながっている。

エルディアではいたるところに、三魔植合成種フューゼの生み出した魔獣がはびこっている。

人々は長い間魔獣と戦い続けてきた…。

エルディア政府はフューゼの生み出す魔獣に対抗するため、自らの手で魔獣合成実験を行い、 ついには魔獣を製造することに成功する。

政府の製造した魔獣は魔操契約によって操られることが多いが、時折、 暴走した魔獣が街などを襲い惨事が起こる。まだまだ研究段階のテクノロジーで、 政府は全精力を注いで完成を目指している。

2つの世界を隔てるのは、分厚い雲の層。

クラウディアでは、雲へ落下したものはすべて消滅すると考えるのが世界の常識で、 その下にエルディアという世界が存在していることは知られていない。

実際、雲の中は嵐のような状態で、通常、人や物は砕け散ってしまうため、 ここを通過して2つの世界を行き来することは不可能。

エルディアでは、時折、空から不可解な落下物（実際はクラウディアからの落下物の残骸）があり、 それが伝説として伝えられる「空の上の理想郷クラウディア」の存在を示唆する要因になっている。