雲穴が閉じ、再び平和が戻ったクラウディア━━

無事ニアを救い出したザードたちは、エルディアに戻り、テーゼ委員会の陰謀を暴くため、 調査に乗り出していた。

一方、魔獣化から解放されたニアは、レイナスらとともに空に残る決意を固めるが……。

復興したバーデルゼンの街で、久し振りの休暇を楽しむレイナスとニア。 だがそこへ、エルディアの超粒子胞『アルネウスの光』が放たれ、空は再び切り裂かれた。

消滅しかける雲を横目に、魔獣を引き連れ攻勢をかけるテーゼ委員会とエルディア政府軍。

レイナスらクラウディア軍は、各国に要請を出し、大艦隊を終結させるが━━。

テーゼ委員会の真の目的とは…？

ザードの出生の秘密とは…？

今ここに、全ての謎が解き明かされる！